Что делать, если заказчик не не включил в спецификацию конкретные показатели из заявки участника?

Ответ: В соответствии с ч.2 ст. 83.2 Федерального закона от 04.05.2013 № 44-ФЗ "О контрактной системе в сфере закупок товаров, работ, услуг для обеспечения государственных и муниципальных нужд" заказчик обязан в течение 5 дней с даты размещения итогового протокола через ЕИС обязан направить проект контракта, который составляется путем включения в него цены контракта, информации о товаре указанных в заявке победителя.

Таким образом Заказчиком нарушен порядок заключения контракта.

Если контракт только заключается, то вы можете направить протокол разногласий заказчику с указанием необходимых изменений спецификации/технического задания. Если заказаичк откажется учесть ваш протокол разногласий - обращаться с жалобой в ФАС.

В случае если контракт уже заключен, считаю что допустимо подписать дополнительное соглашение корректирующее допущенное заказчиком нарушение.