Может ли аукционная комиссия состоять из 3 членов, а председателем быть руководитель заказчика?

Ответ: Тот факт, что в протоколах по результатам работы комиссии отражены сведения только о трех ее членах, еще не говорит о нарушении требования ч.3 ст. 39 Федерального закона от 04.05.2013 № 44-ФЗ "О контрактной системе в сфере закупок товаров, работ, услуг для обеспечения государственных и муниципальных нужд". Допускаю ситуацию, когда аукционная комиссия состоит из пяти и более членов, но на заседании принимают участие только трое. При этом важно, чтобы был соблюден кворум.

Кроме того, необходимо отметить, что законодательством о контрактной системе не установлено запрета о назначении председателем аукционной комиссии руководителя заказчика.

Таким образом, допускаю, что в указанной вами ситуации нарушений со стороны заказчика нет.