Имеет ли право заказчик пропорционально снижать все цены спецификации при направлении проекта контракта?

Ответ: Ранее действительно распределение цен в спецификации отдавали на откуп победителю с единственным требованием, чтобы сумма всех позиций совпадала с ценовым предложением по закупке. В настоящий момент позиция несколько изменилась в сторону правомерности пропорционального снижения всех цен в спецификации. Подтверждением этого являются:
Письмо ФАС России от 06.08.2018 № АЦ/61403/18 "О рассмотрении обращения"​
Письмо Минфина России от 04.10.2017 № 24-01-06/64782 "О формировании плана закупок, определении нормативных затрат и расчете цены за единицу товара, работ, услуг при заключении контракта"​

Тем не менее на текущий момент закон не содержит требования пропорционального снижения всех позиций спецификации.

Исключением является случай, когда осуществляется закупка неопределенного количества товаров, работ, услуг (т.е. когда торгуется цена единицы ТРУ). По всей видимости это как раз Ваш случай.

В данном случае заказчик на в соответствии с ч.2.1. ст. 83.2 Федерального закона от 04.05.2013 № 44-ФЗ "О контрактной системе в сфере закупок товаров, работ, услуг для обеспечения государственных и муниципальных нужд" обязан снизить цены пропорционально.