Может ли контракт подписать не директор, а иное лицо имеющее ЭЦП и соответствующие полномочия?

Ответ: «Сторона контракта» − это сам заказчик, а не его генеральный директор или иной сотрудник. В контракте следует указывать именно то лицо, которое фактически будет контракт подписывать, кому принадлежит ключ электронной подписи, также необходимо указать основание его полномочий, т.е. перечислить реквизиты доверенности (если это не генеральный директор).