Наша организация является автономным учреждением, обязаны ли мы работать только по Закону № 223-ФЗ?

Ответ: Нет, не только. Если Вы получаете бюджетные средства на осуществление капитальных вложений, то Вам следует переходить на применение Закона № 44-ФЗ, но не полностью, а лишь в части закупок, которые осуществляются за счет этих средств (кстати сказать, в Государственную Думу внесен законопроект, предусматривающий отсрочку применения этой нормы автономными учреждениями до 1 января 2017 г.)